Irún es una estación fronteriza. Se podría decir que forma pareja con la estación de Hendaya, situada a unos dos kilómetros y separada por el río Bidasoa.
La red de ancho ibérico (1 668 mm) llega a Irún y continúa para finalizar en Hendaya, mientras que la red de ancho internacional (1 435 mm) llega a Hendaya y continúa para finalizar en Irún. El tramo entre ambas estaciones dispone de vías en los dos anchos.
La SNCF y Renfe Operadora tienen un acuerdo mediante el cual los trenes de cada compañía atraviesan la frontera hasta la siguiente estación para dejar viajeros, pero no para recogerlos. Así, los trenes en dirección Francia inician y finalizan recorrido en Hendaya, y los trenes dirección España inician y finalizan recorrido en Irún. Los trenes que cruzan la frontera para dejar viajeros vuelven de vacío a la estación situada al otro lado.
El complejo ferroviario se completa con diversas instalaciones y sectores de vías dispuestos a lo largo de varios kilómetros, siendo destacables el depósito de tracción, el edificio Internacional, el edificio de Cercanías, la aduana, terminal de contenedores o el taller de material viajeros de Plaiaundi.
Además, es cabecera de la línea de Cercanías Renfe C1 Irún-Brinkola
